La présence des Portugais dans le territoire casamançais remonte au XVIIe siècle, lorsque ceux-ci nouèrent des relations commerciales avec ce comptoir. Mais bientôt, ils ne furent plus seuls car l’intérêt de la France pour cette partie Sud du Sénégal devint manifeste au XIXe siècle avec la création de comptoirs. Les Français, malgré les tentatives d’opposition des Portugais, étendirent leur influence, organisèrent une mission d’exploration sur toute la côte de la Guinée. C’est ainsi qu’en 1837 ils pénétrèrent à l’intérieur du Fleuve Casamance et allèrent jusqu’à Sédhiou où ils établirent un poste militaire. Ils continuèrent à convoiter ce territoire jusqu’en 1886, date à laquelle ils l’obtinrent, à la suite d’une convention signée avec le Portugal. Mais c’est seulement en 1888 que Ziguinchor devint officiellement possession française.
Avec la pénétration française, les missionnaires s’engagèrent progressivement dans le champ pastoral en créant des postes de mission : Sédhiou en 1875, Carabane en 1880, Ziguinchor en 1888 et Elinkine en 1893. A partir de ces différents postes, les missionnaires tentèrent d’entrer plus en profondeur dans le pays. Mais ce furent souvent des tentatives infructueuses. Les raisons sont multiples : l’insalubrité des lieux, l’Islam, le syncrétisme, l’hostilité des tribus. C’est seulement au XXe que l’expansion va se poursuivre avec l’amélioration des conditions de sécurité dans les sites (postes militaires) et des voies de communication. Ainsi furent progressivement érigées de nombreuses stations : Sindone (1905), Brin (1906). Les cases chapelles furent à la mode à Kagnobon, Adéane et Fanda (1908). Malgré les difficultés conjoncturelles de l’époque, l’évangélisation continuera son implantation à Bignona en 1911 et Oussouye en 1924, grâce à l’ardeur des catéchistes et au recrutement de futurs prêtres et futures religieuses.
Le 25 avril 1939, la Préfecture Apostolique de Ziguinchor fut créée par le Pape Pie XII, par division du Vicariat Apostolique de Dakar. A sa tête fut nommé Mgr Joseph FAYE, CSSp. Il ouvrit les missions de Temento et de Kolda ainsi qu’un pré séminaire. Il fut remplacé le 13 juin 1947 par Mgr Prosper Paul DODDS, CSSp. Ce dernier ouvrit 11 missions, construisit 07 églises et développa le secteur de l’enseignement privé catholique qui connut un essor remarquable, les établissements étant souvent confiés aux Congrégations religieuses. Le 10 juillet 1952, la Préfecture Apostolique devint Vicariat Apostolique et enfin Diocèse le 14 septembre 1955, avec comme premier Évêque Mgr Prosper DODDS. Il sera remplacé par Mgr Augustin SAGNA le 15 janvier 1967. Poursuivant l’œuvre remarquable de ses prédécesseurs, il ouvrit neuf (9) nouvelles missions et construisit trois (3) églises.
Le développement de l’enseignement privé catholique se poursuivit au même rythme que précédemment. Avec Mgr Augustin, six (6) nouvelles congrégations religieuses furent accueillies dans le diocèse. L’évêque fonda lui-même une association diocésaine de Vie Consacrée, les Filles de la Résurrection, le 14 août 1987. La même année le Grand Séminaire Saint Jean VIANNEY de Brin ouvrit ses portes.
Mgr Maixent COLY succéda à Mgr Augustin SAGNA, le 23 octobre 1995, après avoir été ordonné évêque coadjuteur de Ziguinchor, le 11 décembre 1993. Mgr Maixent s’est efforcé de poursuivre l’œuvre de ses prédécesseurs. À la suite de son rappel à Dieu survenue le 24 août 2010, Rome nomma Abbé Paul Abel MAMBA, Administrateur Apostolique du diocèse puis évêque le 25 janvier 2012. Son ordination épiscopale eût lieu le 21 avril 2012 au séminaire Saint Louis de Ziguinchor. Après dix ans à la tête du diocèse de Ziguinchor, Mgr Paul Abel est transféré dans le diocèse de Tambacounda le 6 février 2022, ce qui provoqua la vacance du siège épiscopal de Ziguinchor. Le 20 Juin 2024 le Pape François a nommé évêque de Ziguinchor l’abbé Jean Baptiste Valter MANGA. Mgr Valter a été ordonné le 23 Novembre 2024 au Séminaire Saint Louis de Ziguinchor en la Fête du Christ Roi de l’Univers et a pris possession de son siège le 24 Novembre 2024 en la Cathédrale Saint Antoine de Padoue de Ziguinchor.